文革时期，李莲英的坟墓被挖掘，打开棺材的一刻让人汗毛一竖，因为棺材中只留下了一颗头颅和一根辫子，李莲英的身体不翼而飞了。
这让人对李莲英的死不禁发出了疑问。李莲英死之前就遭到了分尸还是死后造成的呢?
据其墓志铭记载，李莲英下葬时尸身是完整的，是死后遭到了分尸。当时李莲英的尸体发现的时候引起了一阵轰动，纷纷猜测其死亡之谜，且说法不一。
说法一：否认死于革命党人之手。民间传说中，一种说法是李莲英是被革命党杀死的，死于辛亥革命期间。顺治帝期间，明文规定宦官不准干预朝政，李莲英做事小心谨慎，绝不可能不能为而为之，所以他也不可能结党营私，参与党派之争。没有参与任何党派，何来得罪革命党?李莲英出宫的时候，已经是高龄老头了，没了慈禧太后，对政事没影响，所以死不死也没大碍了。
说法二：李莲英被仇敌所杀，人活一辈子，再怎么圆滑也会得罪一两人的。
说法三：被债主杀死，李莲英去山东讨债，在半路上就被人杀害了。
说法四：死于疾病，李莲英得了痢疾，患病4天就病发身亡了，但是这个显然立不住脚，因为李莲英死于1911年3月份，是初春，这种时节得痢疾太过于牵强。
李莲英的死说法众多，但是均没有站的住脚的论证支撑，也没有直接证据来证明李莲英的死，文献资料模糊记载，民间传言扑朔迷离，李莲英的死成为了一个谜，让世人为其争破头脑。
