1.沙漠玻璃
通过对曾所属于古埃及法王图坦卡蒙的圣甲壳虫珠宝进行测试，证明了这件玻璃珠宝早于埃及文明出现之前就产生了。出于好奇，科学家们在撒哈拉沙漠的某个区域发现了成片的玻璃散落在沙上。1945年，墨西哥的首次原子试爆也留下了相似的痕迹。
这次爆破只留下了一小片玻璃区域，而在埃及发现的玻璃区域在规模上远大于此。不管怎样，人们对玻璃的关注度超过了原子爆破。科学家们对此的猜测包括流星撞击或是热空气的爆发。
由于没有发现陨石坑，科学家便利用计算机模拟来检验热空气爆炸的理论。结果显示，如果一场类似舒梅克列维9号彗星式的撞击在地球大气层爆发，这种爆发产生的火球碰撞到地面，就会像18,000摄氏度(32,000度)一样，将沙子融化成玻璃水。
有趣的是，撒哈拉沙漠发现的玻璃中的锆石含量与热空气爆炸的理论有些许关联。通过监测锆石的降解度，可以计算出样本所处环境的热量。埃及的玻璃所显示的温度与计算机模拟的温度大体相同。陆地上没有什么可以释放出这样的热量，这使得大气爆破理论看起来具有了说服力。
在东南亚，80万年前的玻璃蔓延到了800平方公里的地区。据说，这是比产生埃及玻璃地带更凶猛的事件所遗留下来的结果。
2.蜘蛛艺术
在埃及西部的沙漠地区，人们在位于卢克索(Luxor：卢克索，埃及南部上埃及城镇，位于尼罗河畔)以西175公里的哈里杰绿洲(theKhargaOasis)中发现了一块破损但独特的砂岩。这是一件展示了旧世界唯一被人所知的蜘蛛岩石的艺术品。面对黎明的微光，可以看到像蜘蛛在网上诱捕的猎物的图像。
科学家们很难判定这件裂为两部分的砂岩的具体年代。埃及古物学家认为该砂岩的历史可以追溯到公元前4500年，甚至史前更早的时间，那时，埃及还不存在。当文明开始出现时，有关蜘蛛的象形文字很稀少。
人们不理解艺术家们为什么会选择蛛形纲动物作为艺术品的主题以及这些艺术品所承载的意义。可能就像无聊的涂鸦一样，它只是一种图腾崇拜的简单形式，但专家们却不懂得。到目前为止，我们所知道的是，它是整个埃及乃至旧世界其他地区所发现的蜘蛛岩石中唯一的艺术形式。
3.纳布塔普拉雅石阵
位于撒哈拉沙漠的纳布塔普拉雅石阵(NabtaPlaya)的历史甚至比史前巨石阵(Stonehenge)早1000多年。该石阵包含着一圈竖立的石柱，以及5排直立和平置的石柱，可能还有一些古墓。这些石柱重量达到数吨，其中一些石柱的高度达到2.7米。学家认为是6000-6500年前未知石器时代人类建造的，可能是迄今最古老的天文测算巨石结构。
卫星照片显示其中一排石柱指向东西方向，并且圆圈中的某些石柱整齐地排列在南北方向。在同一块巨石处还延伸了两条由石碑组成的线，其中一条面向东北方向，另一条则是东南方向。这些石柱预示着夏至，也有可能是雨季。纳布塔普拉雅石阵建造在湖岸边，夏秋季节的时候，有一部还会浸入水中。遗址处已发现了牛墓葬以及一些日常用品，但至今仍未发现人类遗骸。
纳布塔普拉雅石阵彻底打乱了人们对早已认定的埃及历史的认知。纳布塔普拉雅石阵时期的建造者比先前认定的要先进得多，甚至还可能是促进了古埃及法老王朝发展的文明之一。
4.皮斯科洞
在与之毗邻的纳斯卡线条(theNazcaLines)的光环下，人们对秘鲁其他的远古之谜鲜有耳闻。皮斯科洞(PiscoHoles)位于秘鲁皮斯科峡谷(PiscoValley)的沙漠干旱地区，是数千个锥形洞结构，迄今为止，考古学家还不知道该洞是为何人所建造。
一些理论认为，这是某些神秘古代居民建造的粮仓或者坟墓，但事实上它的深度达到两米，不太可能用于存储食物或者掩埋尸体。如果真是坟墓的话，如此巨型的坟墓必然会留下一些证据，然而找遍了众多的洞，人们连一颗牙齿或手工制品碎片的影子都没有发现。
据估计，这片山岭区有6900多个凹面，范围达1500米长，20米宽。有些洞精确地互相对齐，相比之下，另一些洞的分布就十分随意了。
这个劳动如此密集的洞穴结构估计需要几十年才能完成建造。随着时间的消逝，当初的建造原因我们也无从知晓。但幸运的是，还有一些引人思考的线索，卫星照片中捕捉到一处看上去像是迁徙到东部的远古部落废墟。这些洞穴还突然分布在一处看上去疑似因爆炸而摧毁的地点。这些废墟和不同寻常的挖掘底端可能，但它们无疑加深了皮斯科洞的神秘。
5.阿塔卡马的硝酸盐
查尔斯・达尔文(CharlesDarwin)称阿塔卡马(Atacama)沙漠是“一个没有生命的地方”。这片南美沙漠被称为是地球上最干旱的地方，在这里，如果一年中有1毫米(0.04英寸)的降水那就算很幸运了。虽然干旱至极，但这儿却拥有世界上最丰富的氮、碘储量。
这是一个关于矿物质形成的谜团：这里没有形成氮和碘沉积层的必要细菌，但是这里有一条700千米(435英里)长，20千米(12英里)宽的氮元素沉积层。可能的解释是：随着太平洋(PacificOcean)海水携带矿物质冲刷了50千米，大气中的氮气与泥土、盐一起变成了硝酸盐，加之因当地山脉的凸起将很久以前富含矿物质的地下水带到了表层，从而出现了长长的像皮带一样的氮沉积层。迄今为止，地下水理论被认为是最有可能的解释理论，但却没有任何证据可以证明该理论的正确性。
6.未知的生物
2011年，出土于肯尼亚(Kenya)沙漠荒地的石制工具是现今为止最古老的手工制作品，此次发现颠覆了人们一直所坚的：只有接近于现代人类的物种才会制作工具。
这149件手工制作品的历史可以追溯到330万年前，那时并没有人类的祖先存在。不管这些器具的制作者是何人，他都有本事将一块石头磨出棱角，即所谓的“Knapping”(用两块石头来不停打磨出工具的棱角)。研究人员无法确定是哪种类人动物制造了这些工具，而这也成为困扰科学界的唯一的谜题。有猜测说，这些工具的制造者可能是类人猿或者另一个与人类毫无关联的种族。
大部分的研究者认为，森林因气候的改变而变成了草原，这使得肉类成为主食，所以切割工具也有所发展。但是肯尼亚的手工制品显示那时的工艺还没有用于加工肉类，而且那时的肯尼亚并不是沙漠而是一片灌木丛生的树林。
7.叙利亚神秘古建筑废墟遗址
在叙利亚沙漠中存在着早于金字塔建造的城市废墟遗址。这些废墟是距现今大马士革80公里(50英里)的一个神秘城市的最后一点残余。该城市建于5000年前，相比之下连古城大马士革也只算是年轻的城市了。
2009年，当考古学家罗伯特・梅森(RobertMason)正在研究一所建于四、五世纪的叙利亚修道院时，附近一些不寻常的岩石层引起了他的注意。他发现其中可能存在墓穴以及石排和石环。梅森还发现了被称作“沙漠风筝”的围墙构造和一种岩石陷阱。人类将瞪羚等动物围捕进此，然后便能轻易将其杀死。
在这些隐秘结构附近发现的石质器件使得梅森估算出这一遗址的年龄约为6000到10000年间。而最早的金字塔――吉萨金字塔(Giza)，则被认为是建成于4500年前。基于这一点，是谁建造了这座城市以及它为何沦为废墟还是一个未知数。而且由于该地区存在战争和其他冲突等因素，想要调查这个沙漠之谜着实太危险了。
8.四角地的瓦斯
2003年，一颗用于检测甲烷的卫星在经过美国四角地(FourCorners)时发现了这种致命的温室气体云。四角地是美国科罗拉多、新墨西哥、亚利桑那和犹他四个州的交会点。不知出于何种原因，该地某种东西正在释放着大量的甲烷。其释放量相当于整个美国甲烷年排放量的10%。这种情况持续了六年之久。然而某一天，这一情况却离奇停止了，正如它的出现一样神秘。
在四角地有近4万口矿井，这可能是该温室气体释放的来源。由于当地煤矿资源丰富，这些矿井多为用作提取天然气，主要提取甲烷。但是，这并不能很好地解释为何四角地上空漂浮着大量的温室气体。
美国航空航天局则表示不可忽视以下可能性，即这六年的甲烷事件是一起天然气泄漏事件。无论是人为还是自然所致，研究人员仍在努力探寻这些甲烷的来源，要知道甲烷相比二氧化碳更能导致全球变暖。
9.奇特的坟墓
考古学家们在帝王谷(theValleyoftheKings)里找到了古埃及法老图坦卡蒙(Tutankhamun)的墓地，于是一个3000年前的谜团渐渐浮出水面。2005年，人们偶然之间在图坦卡蒙的墓地附近的古代工人棚屋下面发现了一个简单的石灰岩墓室，墓室里面有28个粘土罐和7具木棺。
所有的棺材都经过严谨的密封，有的棺材上装饰着黄色面具。粘土罐和木棺被打开的时候都没有发现尸体，而是装满了碎瓷片、岩石块、泥土、衣物、木块、泡碱以及一些干燥粉末，甚至还有一具“棺中棺”(一具棺材里面还有另外一具棺材)。
这是一个混淆视听的假葬礼吗?帝王谷一直以来都饱受着盗墓者的“洗礼”。如果这个古墓是为了欺骗盗墓者的话，那么这也是可以说得通的，因为在帝王谷里只有这个古墓没有被盗过。假若这真的是一个假墓，那也应该会有皇室的墓碑、宝箱和一些有价值的物品来愚弄盗墓者，可是这里什么也没有。
关于这个古墓，科学家们也提出了一些猜想：有人说这些奇怪的东西其实是防腐室的残骸，也有人说这是一个被亵渎过坟墓，还有人说这是图坦卡蒙的防腐遗留物。但是没有人能够解释这些“废弃物”为什么像木乃伊一样封在棺材里并隐藏在皇室葬墓的帝王谷中。
10.精灵怪圈
纳米比亚的沙漠地区分布着数百万空白圈，尽管怪圈周围是高度及膝的杂草，但是圈内却――即使给土壤施肥也不曾长出任何植物。
怪圈的神秘来源困扰了科学界很多年，科学家们也曾提出许多的解释理论，然而结果却不尽人意。对怪圈来源的假说包括：怪圈是白蚁“勤勉工作”所致、鸵鸟和斑马在此栖息使得植物无法生长、有毒的植物或真菌杀死了怪圈里的植物、地下天然气影响植被生长、植被争夺营养物质导致怪圈形成以及可吸收营养物质的水平差异造成了这种现象。
纳米比亚沙漠出现的怪圈是世界上最多的，一共绵延了1800公里，直达南非的开普省(CapeProvince)。然而怪圈之间从未交叠，这意味着怪圈的形成是系统化的，于是科学家们推测怪圈是否是植物在以某种形式竞争。每个怪圈的直径在2―20米之间，它们的生长周期可达75年。同样，怪圈消失的原因也无人知晓。
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