多瑙河是世界上流经国家最多的河，流经10个国家，因为欧洲的国家比其他洲来说面积相对较小分布密集，支流延伸至瑞士、波兰、意大利等国，是世界上流经国家最多的河。
多瑙河可分为3部分。上游自河源至奥地利阿尔卑斯山脉和西喀尔巴阡山脉之间、称为“匈牙利门”的峡谷。中游自匈牙利门至南罗马尼亚喀尔巴阡山脉的铁门峡。下游自铁门至黑海的三角形河口湾。多瑙河河网密布，支流众多，有大小支流300多条，其中长度在20千米以上的有192条，有34条支流可以通航。
上游右岸主要支流有伊勒河、莱希河、伊萨尔河、因河、特劳思河、恩斯河等；左岸主要支流：纳布河、雷根河；中游主要支流右岸有德拉瓦河、萨瓦河、大摩拉瓦河，左岸有摩拉瓦河、瓦赫河、赫龙河、蒂萨河等。下游主要支流有左岸的奥尔特河、锡雷特河、普鲁特河等。
多瑙河流域位于中欧东南部，三面环山。西部有黑林山，南部由西至东有阿尔卑斯山、韦莱比特山、迪纳拉山、老山以及巴尔干山；北部自西至东有捷克林山、舒马瓦山、苏台德山和喀尔巴阡山。东面临黑海。
河源处有两条河，即布雷格河和布里加赫河，均发源于德国黑林山的东坡，海拔高程分别为1010米和1125米。过两河的汇合点多瑙厄申根后，多瑙河流向东北。从乌尔姆至帕绍，多瑙河芽过巴伐利亚高原北侧，其间在因戈尔施塔特至雷根斯堡河段，多瑙河横切施瓦本—弗兰克山，河谷狭深。
多瑙河流域面积广大，约有81.7万平方千米，内有影响其水源和水情的各种自然条件。这些自然条件有助于形成一个岔流多、稠密、水深的河网，内有支流约300条，其中30多条利于通航。整个多瑙河盆地，有一半以上由其右岸支流排水；这些支流汇集著来自阿尔卑斯山脉及其他山区的水，占多瑙河总流量或排水量的2/3。
多瑙河洪水由夏秋季暴雨或长期连续降雨、春季高山积雪融化和冬季冰凌所形成，有以下两个特点：一是全流域发生特大洪水极其罕见，大多数洪水只限于发生在局部河段，二是全年各个季节都有可能发生洪水，只是分别出现在不同的河段。
