关于亚特兰蒂斯的众多理论中提到亚特兰蒂斯人对水晶的广泛使用。水晶在颜色和谐波频率上很少发生变化。水晶遵循谐波频率规则，能够和一种看上去类似音叉的工具一起使用。
亚特兰蒂斯人据称利用金字塔能量，把谐波和晶体连接到一起。如同我们地球中心的大金字塔与网格矩阵相连形成了我们的实相一样，亚特兰蒂斯人也是这样做的。他们的金字塔据称沉入了大西洋底，这是一种关于回归集体无意识或创世本源的比喻。
亚特兰蒂斯水晶接收到来源各异的能量，包括太阳、地球能量场网格系统或来自对方的能量。网格点往往是用金字塔标注出来的。亚特兰蒂斯人利用这种能量，和水晶相结合，将能量从一座金字塔转移至另一座，或者像外星人那样，进入或离开地球。
根据一年中地轴倾斜的特定时间，一座金字塔能够增并转移能量至另一座金字塔，这样金字塔就作为接收设备，并在需要时能够分散能量。反过来，当该金字塔没有与它们的天体对齐处于聚焦点的时候，那么其他金字塔就被用作发射器。这是一个复杂的矩阵水晶网格系统。
就像亚特兰蒂斯大陆残骸一样，这仍然是一个无法驳斥的谜团。更令人捉摸不透的是一个神秘现象的存在，围绕着一个不寻常的水晶球，据称它是从一座被淹没的金字塔中找到的，地点位于据说是亚特兰蒂斯曾经存在的水域附近。
被称作Ray Brown的亚特兰蒂斯水晶球，这个球体的发现发生在1970年，他当时正在巴哈马的巴里群岛进行一趟水肺潜水的旅程。当他潜水的时候，Ray Brown——一位自然疗法医生——渐渐和他的朋友走散了，当他搜寻他们的时候，他来到了一个奇怪的金字塔结构面前。
虽然被这眼前的东西吓了一跳，他还是对此进行了调查，并惊奇地发现这座金字塔的两侧非常光滑，石块之间的结合处几乎无法察觉。进入金字塔后，Ray对内部两侧结构的光洁程度更为震惊：没有任何藻类和或珊瑚生长在墙上。
不仅如此，他还能清楚地看见内部就像房间里一样灯火通明，但是却没有找到光源。他试着移动一块多面红宝石，它连接在一根从屋顶中心伸下来的金属杆上的，但是它纹丝不动。在红宝石下方大约四英尺处，竖着一个青铜雕像描绘的是两只摊开的手，在手掌上放着一颗水晶球，直径大概四英寸。他很惊讶能够毫不费力地拿起水晶球。
然后他抓着这个意外收获向出口走去。当他这么做的时候，他感觉到一种无形的存在靠近他并有一个声音警告他再也不要回来。考虑到他的战利品有可能会被政府当做打捞宝藏没收，Ray将他的神秘球以及他的故事隐藏了起来，直到1975年。
在球体内有三个金字塔的图像，一个在前。一些进入冥想或α脑波意识状态的人能够清楚地看到第四座金字塔，在另外三座金字塔的前面。从另外一个角度，一些人声称看到了一只巨大的独眼正在安详地从里面凝视着他们。无数细小的断痕同样可见，或许它本质上是可以供电的，就像某种形式的微电路。远古时期对于水晶球的使用并不明确：只有基于这样的猜测。一些人说水晶球用来结合其他强大的多面体石头（或许就像Ray Brown在水下金字塔内看见的那个红宝石？）用来吸引和集中来自地球的巨大能量，然后生成并规划使用所产生的巨大能量。用于好的目的或是坏的目的，这一点没人知道。
Ray Brown的亚特兰蒂斯水晶球自1975年来很少公开露面。它只在亚利桑那州召开的9-9-9水晶头骨世界秘密会议和在纽约召开的10-10-10 13头骨传说大会上出现过。
有趣的是，每次Ray Brown的亚特兰蒂斯水晶球被展出的时候，神秘事件经常会被报道：幻影灯光；感到风的气息；冷、热感觉；能量的刺痛感；幻听。一些人声称体验过球体的治愈能力。有时候，罗盘放在靠近水晶的地方会受到影响，而把一些金属放置在边上似乎会获得暂时的磁性。
